A Környezetvédelmi és Természetvédelmi Igazgatóság elsődleges feladata a szakpolitikai döntések tudományos megalapozása. A Herman Ottó Intézet Nonprofit Kft. azonban nemcsak a jogszabályok előkészítésében vesz részt, hanem innovatív kezdeményezésekkel és megoldásokkal járul hozzá a hazai környezetügy és természetvédelem előre lendítéséhez.
Tevékenységi köre meglehetősen szerteágazó, többek között hulladékgazdálkodással, környezeti kármentesítéssel, levegővédelemmel, éghajlatváltozással, fenntarthatósággal, zaj elleni védelemmel, állami természetvédelmi feladatokban való közreműködéssel foglalkozik: a jogszabály előkészítéstől, a kutatás-fejlesztésen át egészen a szemléletformálásig. Munkája során olyan átfogó, rendszerszemléletű megközelítési módot igyekszik kialakítani, ami lehetővé teszi a feladatok integrált ellátását, valamint szinergiák kialakítását az egyes szakterületek között.
Az igazgatósághoz fűződik a Magyarország Környezeti Állapota című kiadvány elkészítése minden évben, amely tudományos szempontokat szem előtt tartva mutatja be a különböző környezeti elemek állapotát, változásait és tendenciáit.